Nacido en Berlín, Kolja Blacher fue admitido con quince años para seguir sus estudios musicales en la Juilliard School of Music de Nueva York con Dorothy Delay. Posteriormente completó sus estudios con Sandor Végh en Salzburgo antes de embarcarse en una extraordinaria carrera como violinista. Ha sido profesor de violín y música de cámara en la Hochschule für Musik de Hamburgo desde octubre de 1999. Desde la primavera del año 2009 deja su posición en Hamburgo para convertirse en profesor en la Hochschule für Musik Hanns Eisler de Berlín.

Kolja Blacher interpreta como solista con las orquestas más notables, incluyendo la Orquesta Filarmónica de Berlín, Oslo, San Petersburgo y Munich, Gewandhaus de Leipzig, Orquesta Sinfónica NDR, Mahler Chamber Orchestra (MCO), Colonia Gürzenich Orchester y la Orquesta de Cámara de Europa. Colabora con directores tan importantes como Claudio Abbado, Daniel Barenboim, Alan Gilbert, Daniel Harding, Vladimir Jurovsky, Mariss Jansons, Dmitrij Kitajenko, Kent Nagano, Jonathan Nott, Kirill Petrenko, Simone Young y Asher Fish.

Después del éxito por sus interpretaciones y dirección con las orquestas  Stuttgarter Kammerorchester, Santa Cecilia en Roma, Filarmónica de Hong Kong (Concierto para violín de Beethoven), Sinfonietta de Kioi en Tokio (Concierto para violín de Brahms) y Orquesta Sinfónica de Melbourne, Kolja Blacher descubre su pasión por la dirección y aparece cada vez más en la doble vertiente de solista y director, incluyendo actuaciones durante la temporada 2008/2009 en el Festival de Schleswig-Holstein con la Orquesta Sinfónica de Hamburgo, en el Festival de Zermatt (Sharoun Ensemble), en Auckland y en Budapest.

En abril del año 2007 su grabación de las sonatas de Shostakovich y Mieczyslaw Weinberg (con Jasha Nemtsov al piano) para el sello  Hänssler fue galardonada con el premio de la Crítica alemana (Quarterly Critics' Choice). En mayo del año 2006 su grabación de los conciertos de Stravinsky y Alban Berg, con la Mahler Chamber Orchestra bajo la dirección de Claudio Abbado también ganó el premio del la crítica alemana así como el Diapason d'Or. En la revista alemana Fono Forum aparece la siguiente reseña: "Esta grabación en directo da testimonio una vez más del virtuosismo como violinista de Kolja Blacher. Su interpretación de la partitura de Berg se caracteriza por la claridad de la línea melódica, romántica pero continuamente matizada. El cierre 'tranquillo' de la obra es fascinante. El concierto para violín de Stravinsky brilla con exuberancia poderosa y concisa”.

Grabaciones anteriores de Kolja Blacher han sido reconocidas con numerosos premios. Podríamos destacar el concierto para violín de Boris Blacher, Hindemith Kammermusik n º. 4, así como las sonatas para violín de Schumann, Bartok y Holliger (con Bruno Canino al piano). Durante la temporada 2008/2009 aparece un nuevo CD con la MCO y Claudio Abbado con los conciertos de Weill y Hindemith.

Podemos destacar su actuación durante la temporada 2008/2009 con la Orquesta Filarmónica de Londres en Londres y en Bruselas. Otros compromisos le llevaron a Auckland, Sydney, Venecia y por primera vez a Brasil. En enero de 2009 interpretó con la Orquesta Filarmónica de Tokio, el concierto para violín de Schoenberg en el Suntory Hall. La música de cámara es también un punto focal en la carrera de Kolja Blacher. Con Clemens Hagen y Kirill Gerstein forma un trío e interpretan conciertos por toda Europa, incluyendo Madrid, Viena, Salzburgo y Bremen. En diciembre del año 2008, celebró junto a David Geringas, Eduard Brunner y Vassily Lobánov el aniversario de Olivier Messiaen en Hamburgo, Turín y Vevey. Junto a Vassily Lobánov también interpreta numerosos recitales.

Kolja Blacher toca  el "Tritton" un Stradivarius de 1730, en calidad de préstamo de la Sra. Kimiko Powers.